Studium der Psychologie und Pädagogik an der Universität Salzburg (Promotion bei Igor A. Caruso) sowie Ausbildung zum Psychoanalytiker im Psychoanalytischen Seminar Vorarlberg. Zusatzausbildung zum Paartherapeuten und  Sexualtherapeutische Fortbildung (Straftäterarbeit, Perversionen, Transsexualität) an der Abteilung für Sexualforschung der Psychiatrischen Universitätsklinik Hamburg. Er arbeitete bei der Gründung der Österreichischen Gesellschaft für Sexualforschung unter Ernest Borneman mit und ist seit 1993 Vorstandsmitglied im "Österreichischen Kinderschutzbund - Verein für Gewaltlose Erziehung". 1993 Hans-Czermak-Preis des Verbands Wiener Volksbildung für publizistische Verdienste gegen die Gewalt an Kindern. Josef-Christian Aigner war bis 2017 Professor für Psychosoziale Arbeit/Psychoanalytische Pädagogik an der Fakultät für Bildungswissenschaften der Universität Innsbruck.